Leta 2065 je Zemlja v središču vojne z dvodimenzionalnimi tujci, imenovanimi Nova. Oborožene sile razvijajo in trenirajo hčerke Pandoras, ki lahko uporabljajo posebno gensko tkivo, imenovano Stigmata (Seikon), da pokažejo nadčloveške sisteme in spretnosti za boj proti orožju. Pandore podpirajo moški partnerji, imenovani Limiters, ki s posebno močjo zamrzovanja omejujejo svobodo konkurence.
Kateri koli od teh omejevalcev je Kazuya Aoi, katere pokojna sestra je bila Pandora. Kazuya med svojim obiskom zahodne genetske akademije na Japonskem sreča močno Pandoro, Satellizer el Bridget, po vzdevku Nedotakljiva kraljica, zaradi svojega brezčutnega sloga in izjemne afefobije. Kljub opozorilom njegovih sošolcev, naj se izogiba Satellizerju, se z njo spoprijatelji Kazuya in prosi, da bi bila njen Limiter. Satellizer se strinja, da se bo družila z njim, čeprav kmalu pade na tekmovanje v ljubezni z imenom Rana Linchen, ki verjame, da je Kazuya njena sorodna duša, potem ko jo je podprla v več bojih z univerzitetnimi nasprotniki spreminjanja položajev in tečajev. Ko Novasi napadejo svoj kolegij, pri čemer uporabljajo Pandoras pod njihovim nadzorom, da bi dobili dostop do podzemnega laboratorija institucije, njihova konkurenca preneha.
Satellizer in Kazuya se pridružita nekaterim učencem zahodne genetike v laboratoriju na Aljaski, kjer bi lahko pomagali skupaj z nalogo Evolution Pandora (E Pandora), ki običajnim ženskam omogoči, da presaditve Stigmata postanejo Pandore. Ko eden izmed E Pandoras postane besen, se drugi vprašajo, ali zdravila v poskusu niso nevarna, ampak morajo upoštevati želje poslovne organizacije in upravnika. Ko ugotovi, da jih bo E-Pandora Amelia Evans uporabila, dokler jih ne porabijo, vodi upor, ki se na Nova Clash stopnjuje do popolnosti.
Kazuya izve več o povezavah svoje družine z Novo in Pandoro. Kazuyin dedek Gengo Aoi je našel isto službo, ki je Rana in Satellizer postavila v edinstveno ekipo z ženskami, imenovano Valkyries. Kljub temu med demonstracijskimi aktivnostmi s prilagojeno obliko Nova, ki je lutka, Pandore doživljajo blodnje, prav tako pa lutke Novas postanejo legija 100-ih Nova, ki uničujejo genetiko. Gengo temu nasprotuje tako, da sprosti legendarne Pandore, ki so tete Kazuje. Prizadevanje Chevalierja za atentat na Gengo, v katerem je bilo zaposlenih več obsojencev, se je imenovalo Busters, ko se nekaj legendarnih Pandor preobleče v smrtonosne Novase, vendar jim naloga propade.
